El tractament mecànic i biològic genera olors i gasos, que han de ser tractats abans d'emetre'ls a l’exterior. Per això, les naus de l’Ecoparc 4 de l’àrea metropolitana de Barcelona estan en depressió. D’aquesta manera, s'evita que l'aire surti directament a l'exterior quan s’obre una porta.

Aquesta pressió inferior s’aconsegueix mitjançant diversos ventiladors extractors, que envien l’aire de les naus al sistema de depuració d’aire. A més, les cintes transportadores que generen més olors i desprenen més partícules, com les del transport de matèria orgànica, estan cobertes i tenen captacions d’aire pròpies.

El sistema de depuració inclou un rentatge químic àcid i bàsic, seguit d'un biofiltre.