El tratamiento mecanico y biológico genera olores y gases, que no se pueden dejar salir al exterior. Por eso, las naves del Ecop4rc del área metropolitana de Barcelona están en depresión. De este modo, cuando se abre una puerta, el aire no sale.
Esta presión inferior se consigue mediante un complejo circuito de extractores que envían el aire de las naves al sistema de depuración de aire. Además, las cintas que generan más olores y desprenden más partículas, como las de transporte de materia orgánica, están cubiertas y tienen captaciones de aire propias.
El sistema de depuración incluye un lavado químico ácido i básico, seguido por biofiltros.